本文是学习GB-T 34776-2017 T4 DNA连接酶 酶活及杂质检测方法. 而整理的学习笔记,分享出来希望更多人受益,如果存在侵权请及时联系我们
本标准规定了T4 DNA 连接酶的活力、杂质的检测方法。
本标准适用于作为分子生物学研究用的T4 DNA 连接酶。
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件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法
YY/T 0087 电泳装置
YY/T 0657 医用离心机
JJG 646 移液器检定规程
下列术语和定义适用于本文件。
3.1
DNA 连接酶 DNA ligase
一种封闭 DNA 链上的缺口酶,借助 ATP 或 NAD
水解提供的能量催化相邻的核苷酸分子间3'-羟
基和5'-磷酸基形成磷酸二酯键。
注:DNA 连接酶催化底物可以是DNA 或RNA。
依据酶的类型不同,反应中产生高能中间产物的辅助因子可以是
ATP 或 NAD+。
3.2
T4 DNA 连接酶 T4 DNA ligase
一种T4 噬菌体基因30的编码产物,以 ATP 作为辅助因子,催化双链 DNA 或
RNA 的5'-磷酸末
端和3'-羟基末端形成磷酸二酯键。
注:带有 His-Tag,分子质量约为70ku,来源于转化有T4DNA 连接酶表达载体的
E.Coli菌株。主要作用是催化
DNA 末端之间的连接,修复双链核酸中的单链切刻。
3.3
酶活力单位 unit activity
在20μL1×T4 DNA 连接酶反应缓冲液中,16℃反应条件下,30 min 能使50%的经
Hind Ⅲ 消
化的 λDNA 片段[5'端浓度为0.12 μmol/L(300
μg/mL)]连接所需的酶量即为1活力单位。
下列缩略语适用于本文件。
PCR 聚合酶链式反应(polymerase chain reaction)。
SDS-PAGE 十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl
sulfate-polyacrylamide gel
GB/T 34776—2017
electrophresis)。
Tris 三(羟甲基)氨基甲烷(Tris(hydroxymethyl)metyl aminomethane)。
除非另有规定,本方法所用的试剂应为不含DNA 和 DNase
的分析纯试剂,所有试剂溶液宜大体积
配制、小体积分装后经高压灭菌后使用,不宜高压灭菌的试剂应用0.22μm
过滤器过滤除菌;酶缓冲液
应避免反复冻融;水为GB/T 6682 规定的一级水。
5.4 乙二胺四乙酸二钠(Na₂EDTA,Ci₀H₁₄N₂O₈Na₂)。
5.5 TE 缓冲液:10 mmol/L Tris-Cl(pH8.0),1 mmol/L EDTA,使用 HCl 或 NaOH
调节 pH。
5.6 酶贮存溶液:50 mmol/L KCl,10 mmol/L Tris-Cl(pH 7.4),0.1 mmol/L
EDTA,1 mmol/L DTT,200 μg/mL BSA 和50%的甘油。
5.7 10 XT4 DNA Ligase Buffer:400 mmol/L Tris-Cl,100 mmol/L MgCl₂,100
mmol/L DTT,
5 mmol/L ATP(pH7.8)。
5.8 50×TAE 缓冲液:称取484 gTris, 量取114.2 mL 冰乙酸,200 mL0.5 mol/L
EDTA(pH 8.0),溶 于水中,定容至2 L。
5.9 10×上样缓冲液:含0.25%溴酚蓝,0.25%二甲苯青FF,30% 甘油水溶液。
6.1 电泳系统:应符合 YY/T 0087 的要求。
6.3 加热制冷水浴/循环器: -20℃~100℃。
6.4 冷冻离心机:可以在4℃下进行离心,离心转速10000 r/min 以上,应符合
YY/T0657 的要求。
6.5 微量可调移液器:0.5μL~10μL,10μL~100μL,100μL~1000μL, 应符合JJG 646
的要求。
7.1.1 λ DNA-Hind Ⅲ 底物制备
λDNA-Hind Ⅲ按照以下步骤进行制备:
a)
按表1配制酶切反应体系。加酶之前将反应混合物混匀(可以用移液枪上下吹打或轻弹管壁,
切忌振荡混匀);轻轻混匀,短暂离心。
表 1 酶切反应体系
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GB/T 34776—2017
表 1(续)
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b) 37℃ 反应4 h。
反应结束后向样品管中加入等体积的酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),轻轻
摇匀;12000 r/min 离心8 min。 小心地将上清转移到新 EP
管中,不应吸到下面有机相里的 液体。
c) 加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1),轻轻摇匀;12000 r/min 离心8 min。
小心地将上清转移 到新 EP 管中。
d) 加入1/10体积的3 mol/L
醋酸钠颠倒混匀,再加2倍以上体积的无水乙醇,颠倒充分混匀后
室温放置沉淀。
e) 用适量75%~80%乙醇清洗白色沉淀2次。
f) 放于超净台轻风将残余乙醇吹干,也可以室温蒸发。
g) 用适量的TE 缓冲液溶解 DNA。
h) 紫外分光光度计和琼脂糖电泳检测 DNA
浓度和纯度(电泳检测结果条带清晰明亮,无杂带, 范围分布在23130 bp~125
bp之间。紫外可见分光光度计测定产物的A₂6/A₂ 在1.8~1.9 之 间 ,A₂0/A₂
3o>2)。
7.1.2 T4 DNA 连接酶活力检测
按表2顺序配制20μL 连接反应体系,每个梯度设置3个平行。
表 2 酶活力测定反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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构建连接酶的阳性对照组和无酶阴性对照组。
加酶之前将反应混合物混匀(可以用移液枪上下吹打或轻弹管壁,切忌振荡混匀);轻轻混匀,短暂
快速离心,在最适温度下(一般为16℃),反应30 min,进行电泳(电泳条件参见附录
A), 观察连接情
况;根据参照酶加入的最小体积乘以稀释倍数计算待测酶活力。具体计算方式可参见附录
A。
按表3顺序配制连接反应体系。
GB/T 34776—2017
表 3 核酸内切酶检测连接反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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20 U |
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加酶之前将反应混合物混匀(可以用移液枪上下吹打或轻弹管壁,切忌振荡混匀);轻轻混匀,短暂
快速离心,在最适温度下(一般为37℃)连接4
h,连接产物进行电泳,根据电泳图谱,判断酶中是否夹杂
有核酸内切酶,如条带清晰、明显、不发生变化,说明无核酸内切酶污染。
7.2.2.1 单链外切脱氧核糖核酸酶检测
按表4顺序配制连接反应体系。
表 4 外切酶检测连接反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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200 ng |
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20 U |
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加酶之前将反应混合物混匀(可以用移液枪上下吹打或轻弹管壁,切忌振荡混匀);轻轻混匀,短暂
快速离心,在最适温度下(一般为30℃)连接过夜,反应产物经15% SDS-PAGE
电泳检测并成像分析
实验结果。无DNA 降解说明无单链外切脱氧核糖核酸酶的污染。
7.2.2.2 双链外切脱氧核糖核酸酶污染检测
按表5顺序配制连接反应体系。
表 5 外切酶检测连接反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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200 ng |
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20 U |
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GB/T 34776—2017
加酶之前将反应混合物混匀(可以用移液枪上下吹打或轻弹管壁,切忌振荡混匀);轻轻混匀,短暂
快速离心,在最适温度下(一般为37℃)孵育4 h,反应产物经15% SDS-PAGE
电泳检测并成像分析实
验结果。无DNA 降解说明无双链外切脱氧核糖核酸酶的污染。
按表6顺序配制连接反应体系。
表 6 核酸酶检测连接反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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20 U |
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轻轻混匀,短暂快速离心;最适温度下(一般为37℃)连接24 h 或18
h,连接产物进行电泳,带型不
发生变化。如果带型清晰、明显、无变化说明无其他可检测到的核酸酶污染。
按表7顺序配制连接反应体系。
表 7 连接效率检测连接反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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20 U |
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轻轻混匀,短暂快速离心;最适温度下(一般为16℃~22℃)连接1
h,连接产物进行电泳,≥98%
的 λDNA- Hind Ⅲ 片段被连接或≥95% λDNA-Hae Ⅲ
片段被连接,如果带型清晰说明连接效率高。
按表8、表9顺序配制连接反应体系和酶切反应体系。
加酶之前将反应混合物混匀(可以用移液枪上下吹打或轻弹管壁,切忌振荡混匀);轻轻混匀,短暂
离心在最适温度下(一般为16℃~22℃),反应1 h,进行电泳,然后回收连接后的DNA,
溶于内切酶缓
冲液中;按表9顺序配制酶切反应体系。
GB/T 34776—2017
表 8 连接反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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20 U |
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表 9 酶切反应体系
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10×T4 DNA连接酶反应缓冲液 |
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20 U |
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轻轻混匀,短暂离心,最适温度下(一般为37℃)酶切4
h,酶切产物进行电泳,如果能被内切酶再次
切割,表示识别序列恢复完全,3'和5'末端保持完整。通过以上结果,可以判断是否存在连接酶抑制剂
或磷酸酶以及核酸外切酶等杂质。
GB/T 34776—2017
(资料性附录)
T4 DNA 连接酶酶活力计算
A.1 酶连接产物凝胶电泳检测
取0.8 g 琼脂糖,于100 mL 电泳缓冲液中加热,充分溶化,加入溴化乙锭(10
mg/mL) 至终浓度为 0.5μg/mL,
制胶。在电泳槽中加入电泳缓冲液,使液面刚刚没过凝胶。将5μL~8μL
酶连接产物分 别和适量加样缓冲液混合,点样。9 V/cm
恒压电泳,直至溴酚蓝指示剂迁移至凝胶中部。紫外检测仪
下观察电泳结果并记录。
A.2 酶活力计算
style="width:11.68681in;height:4.95486in" />
图 A.1 待测酶活力检测电泳图谱
从图 A.1
可以看出,稀释1200倍的待测酶与稀释400倍的参考酶同一酶量的连接反应产物相同,
即酶活力相当。因参照酶活力为5
weiss/μL,计算稀释倍数后,得出待测酶的酶活力为15 weiss/μL,即
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